정부, 초고가 주택에 편중된 장기보유특별공제 개편 예고

임광현 국세청장이 정부의 부동산 세제 개편안 발표를 앞두고 장기보유특별공제 제도를 손질할 필요가 있다고 공개적으로 밝혔다. 오래 보유한 1주택자의 세 부담을 덜어주자는 취지로 만든 장치가 실제로는 초고가 주택 보유자에게 과도하게 유리하게 작동하면서, 세금의 형평성을 해치고 있다는 문제의식이 깔려 있다.

임 청장은 26일 엑스에 글을 올려 현행 장기보유특별공제가 10년 보유·거주 시 과세 대상 양도차익의 최대 80%를 한도 없이 공제해주는 구조라고 지적했다. 장기보유특별공제는 실거래가 12억원을 넘는 1세대 1주택자가 집을 팔 때 적용되는 양도소득세 경감 제도로, 보유 기간과 거주 기간에 따라 각각 최대 40%씩, 합쳐 최대 80%까지 공제를 받을 수 있다. 원래는 장기 보유 실수요자를 보호하겠다는 취지였지만, 임 청장은 집값이 비쌀수록 차익도 커지는 만큼 결과적으로 고가 주택일수록 더 큰 절세 혜택을 누리는 역진적 구조가 됐다고 봤다.

그는 2024년에 양도한 주택의 양도세 신고 통계를 근거로 제도의 쏠림 현상을 제시했다. 전국에서 1세대 1주택 2만4천816호가 장기보유특별공제로 모두 5조320억원을 공제받았는데, 이 가운데 서울이 4조5천억원으로 전체의 90%를 차지했다는 것이다. 다시 서울 안에서도 강남3구와 용산구에 공제액 3조5천억원이 몰려 서울 공제액의 78.6%를 차지했다. 반면 도봉·금천·중랑·노원·동대문·관악·은평·구로구 등은 혜택이 거의 없었다고 설명했다. 실제로 강남구는 2천873건에 총 1조5천459억원, 건당 평균 5억4천만원을 공제받은 반면 도봉구는 2건에 2천만원, 건당 1천만원 수준에 그쳤다.

초고가 주택으로 갈수록 편중은 더 뚜렷했다. 공제액 상위 100호를 분석한 결과 99호가 서울에 있었고, 이 가운데 87호는 강남구 68호, 서초구 19호였다. 평균 공제금액도 강남구는 41억원, 서초구는 33억원에 달했다. 임 청장은 강남구 주택 1채를 팔고 장기보유특별공제로 200억원이 넘는 금액을 공제받은 사례까지 언급하며, 조세의 기본 원칙인 누진성, 즉 소득이 큰 사람일수록 더 많은 세금을 부담해야 한다는 원칙과 어긋난다고 비판했다. 그의 표현대로라면 이 제도가 시장에서 이른바 ‘똘똘한 한 채’ 선호를 세제 측면에서 떠받치는 결과를 낳고 있다는 지적이다.

이번 발언은 2009년 1세대 1주택 장기보유특별공제율이 최대 80%로 확대된 뒤 17년이 지나면서 예상하지 못한 부작용이 누적됐다는 판단과 맞닿아 있다. 임 청장은 세제는 일관성이 중요하지만, 제도 운영 과정에서 불공정이나 왜곡이 확인되면 미세조정이 필요하다고 강조했다. 특히 중산층 실수요자 보호는 유지하더라도 초고가 주택에 대한 사실상 무제한 공제는 재검토해야 한다는 뜻을 분명히 했다. 이 같은 흐름은 앞으로 정부가 부동산 세제를 손볼 때 단순한 감세나 규제 완화보다도, 혜택의 집중도를 줄이고 조세 형평성을 높이는 방향으로 세부 기준을 조정할 가능성이 있음을 시사한다.